Kaya Çilingiroğlu’nun ilk evliliği Ayşem Saraçoğlu ile olmuştur. Daha sonra 1997 yılında Hülya Avşar ile evlenmiştir, ancak 2005 yılında boşanmışlardır. 2009 yılında Feraye Tanyolaç ile evlenen Çilingiroğlu, 2014 yılında boşanmıştır.
Çiftin Hülya Avşar ile olan evliliğinden Zehra Çilingiroğlu adında bir kızları olmuştur. Zehra, anne ve babasının spor tutkusunu paylaşmaktadır ve son zamanlarda golf alanında başarılı bir şampiyonluk elde etmiştir. Hülya Avşar ve Kaya Çilingiroğlu, kızlarının başarısını sosyal medya hesaplarından gururla paylaşmışlardır.
Zehra Çilingiroğlu’nun hobileri arasında yürüyüş yapmak da bulunmaktadır. Ayrıca Zehra, sevgilisi Mürsel Kaya ile Bebek’te görüntülenmiş ve kaçış planları başarısızlıkla sonuçlanmıştır.
